医院设有徐汇院区、浦东院区两个院区，并与上海市质子重离子医院（复旦大学附属肿瘤医院质子重离子中心）高度融合、共同发展。截至2020年底，医院实际开放床位2105张，设有头颈外科、乳腺外科、胸外科、胃外科、大肠外科、泌尿外科、胰腺外科、肝脏外科、神经外科、骨软组织外科、肿瘤妇科、肿瘤内科、放射治疗中心、中西医结合科、综合治疗科、麻醉科、介入治疗科、病理科、药剂科、检验科、内镜科、超声诊断科、放射诊断科、核医学科、心肺功能科、营养科26个临床医技科室。医院有教职员工2，761人，其中医师719人，护理人员1，242人，医技人员501人；正副专家373人；博士生导师78人，硕士生导师96人。